混乱はさらに続く。16日、東京都のコロナ感染者数が過去最多の286人を記録する（当時。現在は7月23日の366人が最多）と、政府はキャンペーンの対象から東京都の除外を決め、東京発着の旅行は制度を利用できなくなった。旅行を予約した都民からはキャンセルが殺到し、旅行業者は悲鳴を上げた。 　都内の中堅旅行会社の小谷野愛理さん（仮名・25歳）は、客からのクレームに怯える。 「キャンペーンの詳細は私たちも知りません。ただ、弊社のパックツアーが対象なのは確かだったので、自信をもってお客様に説明していたのですが、『東京外し』で結果的にウソをついたことに……。さらにキャンセル料は補償できないと説明していたら、21日には政府が補償すると発表するし……」 　政府の「東京除外」の裏には、菅義偉官房長官と小池百合子都知事の確執があったとされる。7月11日、菅官房長官が「（感染者急増は）圧倒的に“東京問題”」と発言。13日、小池都知事が『むしろ国の問題。冷房と暖房を両方かけるやり方に、どう対応すればいいのか？』と応酬したことで、「Go To トラベル」の東京外しに火がついたと言われている。だが、前出の鈴木氏は内幕をこう明かす。 「2人の仲が悪いのは事実で、圧勝した都知事選の後、小池氏との確執が再燃するのはわかりきっていた。前回の都知事選で小池氏は、自民東京都連の内田茂会長（当時）を悪役に仕立てて当選したが、菅官房長官は内田会長と昵懇の間柄で、ここから2人の因縁は始まった。 　しかし、今回の東京除外とは関係ありません。実は、政府はギリギリまで強行突破の構えだったが、16日に東京の感染者が過去最高となり、安倍首相、菅官房長官、今井尚哉首相補佐官の3人で東京除外を決めた。感染者数の急増もさることながら、支持率を気にする首相はキャンペーン反対の世論に抗しきれなかったのです」