直虎の地頭解任後、家老であった小野政次（高橋一生さん）が地頭に任命された。 　が、その期間は短く、わずか1ヶ月。永禄11年（1568）12月に徳川家康（阿部サダヲさん）が三河国から侵攻してきたのだ。旧井伊領は徳川氏に寝返った「井伊谷三人衆」のものとなり、小野政次は家康によって処刑された。 　その後、家康の遠江侵攻を阻む戦いが、堀川城（気賀）や、堀江城（舘山寺）で行われ、井伊谷衆は、徳川方として戦った。 　祐圓尼は、これらの戦いには参加していない。合戦によって多くの死者が出て、各地で葬儀が重なったにも関わらず、僧侶自身も戦いで多くが亡くなってしまい、南渓和尚と祐圓尼が葬式のために回ったことが『南渓過去帳』から窺い知れる。 　そして元亀3年（1572）、武田軍が遠江国に侵攻すると、12月22日、徳川軍と三方ヶ原で衝突。武田軍が勝利をおさめ、旧井伊領はそのまま武田領となった。 　武田軍は、旧井伊領刑部で越年すると、翌年1月3日には「日本最強の赤備え」と恐れられた山県隊が井伊谷に襲いかかった。この時、龍潭寺は全焼。後日、武田信玄が死ぬと、旧井伊領は家康が奪い返し、再び井伊谷三人衆の領地となる。 　天正2年（1574）12月14日、井伊直親の13回忌法要に、後の井伊直政・虎松が鳳来寺から龍潭寺へやって来た。実母・しの、南渓和尚、祐圓尼（直虎）、祐椿尼（直虎の実母）の話し合いにより、虎松は鳳来寺へ帰さず、しのの再婚相手・松下清景の養子とした。 　「松下虎松」の誕生は、すなわち約600年続いた名門・井伊家が途絶えたかのように見えた。が、彼等の狙いはそうではなかった。 　松下虎松の将来について、しの、南渓和尚、祐圓尼、祐椿尼たちは、 ――徳川家康に引き合わせ、仕官させよう。 　ということになったのだった。祐圓尼は、家康と対面させるために着物を縫い、遠くからでも目立つように四神旗を作ったという。 　そして天正3年（1575）2月15日、鷹狩に出た家康は、首尾よく虎松を見つけると…… ――こやつ虎の目を持っておる。はて、どこかで見たような？ 　と、浜松城へ連れて帰り、身元を聞いて納得した。徳川に寝返ろうとして討たれた直親の子であり、桶狭間の戦いでは共に先鋒を務めた直盛の孫（直親は直盛の養子）であると知り、 ――取り立てずんば叶わじ（召し抱えないわけにはいかない） 　として、虎松を小姓にし、「井伊」の復姓を許して「井伊万千代」と名付けたのだ。所領は300石。後の井伊家大躍進から見ればまだまだ小さな石高であったが、ともかく井伊家は、家康のおかげで絶えずに済んだのである。祐圓尼は喜んだ。